2081年12月29日下午，在美国研发基地里，工作人员正在发明一种感冒药时，不小心放入H18生化药物，“啊！”一声，试验室里走出一大群“生化幽灵
2082年1月3日，保卫队与潜伏者经过联合国局长的认可，同意保卫与潜伏互相联盟，一起对抗“生化幽灵”。
2082年2月5日，“生化幽灵”向沙漠F1要塞进军并占领，随后又攻下了金字塔、小型矿厂和13号地区，这下，同盟军基地可闹火了，保卫队派出了中国最优秀的战士萧郑宇，美国队员杰克、欧克西和经验丰富的老队员华加。潜伏者则全是毛遂自荐，有美国队员欧马克松木、日本队员佐佐右石门、石田门夫、越天佐郎君，还有中国队员郑宇杰。保卫队负责夺回“生化死灵”占领的沙漠F1要塞和13号地区，潜伏者负责攻取“生化亡灵“占领的金字塔和小型矿厂。“同盟军，现在正式向“生化幽灵”攻击！各位英雄们，出发吧！”联合国局长站在指挥台上一本正经地命令道。
战士们日夜兼程地赶往沙漠F1要塞年12月31日，沙漠之战开始了。保卫队员们拎着沉重武器在B点小型平台上守卫着，一天过去了，地上铺满了生化尸体，只有一只“生化幽灵”了，可是战士们的枪也没弹夹了，刀也刺得变弯了，只剩下手雷了，队员们一起向生化扔去，生化马上被炸死了。
2086年，同盟军将全部地区收复，而且又收了一名队员，名叫“刀锋”，同盟军气势昂昂地向生化大本营研发基地进军，可是里面已不再是小兵了，而是“绿巨人”和“迷雾幽灵”，它们一下子感染了298名特警，这让同盟军显得不堪一击、无能为力。正在这紧要关头，“刀锋“一个跟头冲过来，一眨眼，298只“生化幽灵”被消灭了，只有最后一只绿巨人了，可不管这样，以一敌百的机率总是很小的，没错，在人们全面压倒性的火力压制下，生化源头终于被消灭了。
2086年10月1日，联合国局长正式宣布：“世界已和平，生化源头也被完全消灭，大家可以放心了！”
而保卫与潜伏两个冤家经过两次联合，也终于合好了。从此，世界变得安然无恙。